Los microARN son pequeños ARN reguladores de 20-24 nt que guían el complejo de silenciamiento inducido por ARN para silenciar varios genes postranscripcionalmente. La biogénesis de los miARN vegetales implica numerosos pasos, incluyendo su metilación 2'-O en su extremo 3', lo que los protege de la degradación. Además, existen otros dos tipos de modificaciones implicadas en el recambio de miARN: el recorte y la formación de colas. Este método describe un procedimiento de análisis bioinformático para evaluar el recorte y la formación de colas de miARN a partir de datos de sRNA-Seq. El proceso incluye los pasos necesarios para descargar los datos sin procesar de repositorios públicos y consideraciones importantes para analizar un gran número de muestras. Comienza con las lecturas de secuenciación sin procesar e implica la eliminación del adaptador 3', el filtrado de calidad, la alineación con un genoma de referencia enmascarado para descartar lecturas no deseadas y la evaluación del grado de recorte y formación de colas de cada miARN. Finalmente, se calcula un índice para estas modificaciones y los resultados se evalúan gráfica y estadísticamente. En conclusión, este proceso escalable permite a los investigadores comenzar con datos sin procesar de varios estudios de sRNA-seq y progresar hasta obtener resultados significativos y representaciones visuales.
